Скорей всего файл windows.h по какой-то причине берётся не от той платформы. Чтобы проверить это, можно открыть из дерева проекта файл stdafx.h, найти там строчку #include <windows.h>, в контекстном меню на имени файла "windows.h" выбрать "открытие документа <windows.h>" и проверить путь открытого файла. Путь должен быть C:\Program Files\Windows CE Tools\wce600\WinCE600_515_SDK\include\ARMV4I.
Платформа в панели инструментов отображается как "WinCE600_515_SDK"?
Проверьте пути в настройках для выбранной платформы (сервис->параметры, дальше по скриншоту)
Попробуйте переместить путь C:\Program Files\Windows CE Tools\wce600\WinCE600_515_SDK\include\ARMV4I в начало списка.
Попробуйте добавить этот путь в свойствах проекта (свойства конфигурации -> c/c++ -> дополнительные каталоги включения).
На всякий случай после этих действий стоит перестроить решение (именно перестроить, а не построить).