Словил неприятный баг с CoDeSys.
С помощью метода описанного в демо-проекте "CODESYS Library SysTimeRtc Demo", брал системное время, которое если исходить из описания, должно браться из системного времени панели. Однако обнаружил, что время в контроллере и в HMI различаются. На момент обнаружения, через час после перезапуска системы, время в ПЛК отставало от времени HMI на 2 минуты. Перед этим была жалоба от клиента, что процесс запустился не вовремя. К сожалению времени расхождения на тот момент не скажу.
Пока проблему решил передачей времени из HMI в ПЛК через триггер и работой по времени панели.