Но на практике очень часто COM порт нужен в "вычислительной" части Codesys, а не в панели.

Вопрос: как получить доступ к COM порту в Codesys ?
Поясним вопрос: как в программе Codesys получить данные от устройства на COM порту панели (от устройства, которое использует последовательный интерфейс).
Ответ рассмотрели в статье Как получить доступ к COM порту панели из встроенного Codesys ?